 明洪武年间，朱元璋为报答无瑕大师相救之恩，便亲到四川彭县九峰山金顶寺将无瑕大师接至宫中。无瑕大师不愿住在宫中，军师刘伯温向朱元璋献计，大师不愿住宫中，就为他修寺院供养。于是刘伯温八方寻山找地，寻至河南云台山，见其地形奇特，清净殊深，有龙虎相生，阴阳和合之气，便下旨在云台山敇建寺院，命名“万善寺”，即有万善齐修之意。玉琳国师常驻锡万善寺，接待顺治皇帝、康熙皇帝前来听经领教，国民昌盛、法幢空前，为中国中原之首！
万善寺地处独特——东为龙山；西为虎山。地层结构下为红石岩；上为石灰岩。奇特的地质构造，使万善寺成为国内独一无二的风水宝地——“国内独一无二”几个字，是我国一名著名的地质学家考察万善寺后的结论。
万善寺是佛教临济正宗道场，皇家寺院。临济宗在万善寺祖庭一直相传至二十六祖、二十七祖、二十八祖、二十九祖、三十祖和三十九祖。抗日战争时期焚烧，所剩小寺院，在解放初期被毁。九O年落实党的宗教政策，万善寺才被重建。一九九三年十月，由河南省宗教局、修武县政府的邀请，第三法王能海上师嫡传第三代，临济宗定慧嫡传法印海空上师驻锡万善寺，弘宗演教，为临济宗佛传心印四十二祖。海空上师弘法利生，国内外弟子甚众，法喜充满。九四年上师见古寺碑文叹曰：
今见云台碑，如归古时位；
追境五百年，原是一脉回。
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